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以下にGNOMEデスクトップのビープ音を無効にする手順を記します。
下図の通り、「システム→設定→サウンド」で設定ダイアログを開きます。
「効果音の設定」ダイアログが表示されるので「ビープ音」タブをクリックし「システムビープ音を有効にする(E)」のチェックを無効にし、「閉じる(C)」ボタンを押下。
上記操作によりビープ音が無効になります。