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sedコマンドを利用しファイル内の改行のみの行やスペースのみの行を削除する方法を以下に記します。
下記コマンドによる出力は標準出力に出力されます。
ファイルに出力したい場合はリダイレクトでファイルに出力すればよいでしょう。
sed '/^$/d' ファイル名
または
cat ファイル名 | sed '/^$/d'
sed '/^ *$/d' ファイル名
または
cat ファイル名 | sed '/^ *$/d'
'/^ *$のスペースは2つです。
sed '/^ *$/d' ファイル名
または
cat ファイル名 | '/^ *$/d' ファイル名
